ペットボトルのことはほとんど知られていないので、とんでも記事とか、誤解によるいろいろなことがあるのは当然だけど、とりあえず樹脂の違いについて

http://d.hatena.ne.jp/lastline/20091109/1257754338

記事中ではミネラルウォーター用のペットボトルは透明度の高い良質なペットボトル云々とありますが非常にうそ臭い。

にある元記事を読むと

http://plaza.rakuten.co.jp/LightRailTransit/diary/200605230000/

でもでも、お茶とか他の飲料のような濁った色のボトルだと、
イメージが悪いからってことで、高いボトルを使っているわけです。

と書いてある。

安い、低品質の原料(ポリエチレンテレフタレート樹脂)を使っていると、ボトルにして水を入れた後、アセトアルデヒド臭(AA臭)で苦情がくる可能性があるので、高品質の樹脂を使うのは実際にあり得ること。
このAA臭は水以外では気づかれない。

お茶のボトルが濁った色というのは誤解で、お茶のように口部が白くて、充填後殺菌している物は、ボトル本体を結晶化する際に、濁った色のような感じになるものもある。
これは樹脂が悪いのではなく、ボトルにして結晶化するときの問題。
透明度というか樹脂の色と言うことなら、ポリエチレンテレフタレートを重合する際の、触媒に何を使うかも影響するし、これでコストも変わるけど、これは今回の件とはあまり関係ない。

ちなみに、ボトルの厚みは、プリフォームや、ボトルをどこで作るか。無菌(アセプティック)か、殺菌しているのかなど充填時の問題、設備更新などがからむ複雑な問題。